Kiedy i w jaki sposób odliczyć podatek naliczony z duplikatu faktury

W grudniu 2002 r. nasza firma nie uznała faktury VAT z tytułu najmu lokalu, gdyż roczna stawka wieczystego użytkowania zwiększała czynsz płacony do tamtej chwili (według naszej firmy było to bezprawne obciążenie nas i nie było zgodne z umową najmu lokalu). W związku z tym faktura została zwrócona wystawcy bez naszego podpisu. Odmówiliśmy jej przyjęcia. Wystawca natomiast odprowadził VAT do urzędu skarbowego. Powstał spór sądowy na tym tle. Faktura oczywiście nie została u nas zarejestrowana w rejestrze VAT ani zaksięgowana, bo fizycznie jej nie mieliśmy i nie uznawaliśmy. W 2005 r. zakończył się spór sądowy - zawarto ugodę, zgodnie z którą m.in. uznaliśmy roszczenie firmy co do tej faktury. Nasze zadłużenie ma być spłacane w ratach. Otrzymaliśmy duplikat tej faktury wystawiony w maju 2005 r. Czy możemy odliczyć VAT z tej faktury i, ewentualnie, w jaki sposób - czy przez korektę deklaracji? Dodam, że jesteśmy jednostką badawczo-rozwojową (podatnikiem VAT). Korzystamy ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych. Rozliczamy VAT na zasadach ogólnych.