Kompensata zobowiązań a VAT

Jesteśmy zakładem budżetowym i jako inwestor naliczyliśmy wykonawcy kary umowne za niedotrzymanie terminu wykonania robót (rozbudowa budynku). Wystawiamy notę na kary umowne i chcielibyśmy, aby kontrahent uregulował karę na podstawie tej noty, tak aby jednostka opłaciła fakturę w 100%. Ale kontrahent skierował do nas pismo, że wyraża zgodę na potrącenie kary z faktury, za którą mamy mu zapłacić. I tu mamy wątpliwość, ponieważ – po pierwsze – jest to inwestycja z dotacji (a kwota dotacji musi być równa kwocie zapłaty za fakturę), a po drugie – jak zrobić przelew z podzieloną płatnością (jak VAT ująć w przelewie), skoro kwota do zapłaty będzie mniejsza, niż widnieje na fakturze, a na przelewie z podzieloną płatnością automatycznie uzupełnia się mniejsza kwota netto niż na fakturze? Jak prawidłowo dokonać takiego rozliczenia?